園子が何者かに拉致・監禁！
さらに仕掛けられていた爆弾が爆発！！

劇場版最新作公開記念！第2夜はコナンが豪華客船内で起きる殺人事件の謎に挑むシリーズ第9作を放送！園子の誘いで、大財閥・八代グループが所有する豪華客船に乗り込んだコナンと蘭、小五郎、少年探偵団と阿笠博士たち。クルーズを楽しむコナンたちだったが園子が何者かに拉致・監禁され、さらに殺人事件が起こる。事件には、15年前の八代グループの貨物船の沈没事故と、客船の設計に携わった設計技師の死が関係あるようなのだが…。コナンは事件の謎を解き、600人の乗客の命を救うことができるのか？逃げ場なしの状況の中で小五郎の名探偵ぶりが冴えわたる、サスペンスアドベンチャー！

15年前、北大西洋・海上で貨物船が巨大な氷山に衝突し沈没。船長と一人のクルーが犠牲となった。時は流れ、大財閥・八代グループの一つ、八代造船の設計士が、車を運転中に心臓発作を起こし事故死する。その半月後、園子（松井菜桜子）に太平洋を航行する豪華客船アフロディーテ号の処女航海に招待されたコナン（高山みなみ）たちは優雅な洋上のクルーズを楽しんでいた。

しかし、かくれんぼの最中に園子が何者かに拉致・監禁されてしまう。コナンの活躍で園子は無事に発見されるが、今度は殺人事件が発生！捜査が難航する中、コナンは15年前の沈没事故の存在にたどり着く。さらに半月前に起きた事故を佐藤刑事（湯屋敦子）が再捜査した結果、不審な点が見つかり他殺の可能性が出てくる。これらの事件の真相、そしてアフロディーテ号に秘められた陰謀とは一体何なのか…。