賢くてしたたかな10歳の少女アーヤが
魔女の家に引き取られることに…

2週連続スタジオジブリの第1夜に登場するのは、今の時代を生きる子供たちに向けた、新しいジブリヒロインが登場するファンタジー。「子どもの家」で暮らす10歳の少女アーヤが魔女の家に引き取られることに…。魔女にこき使われ魔法を教えてくれないことに腹を立てたアーヤは、黒猫のトーマスの力を借りて反撃を開始する！ジブリ初の3DCG映像や、ブリットロック調の音楽の数々も新鮮な、新感覚ファンタジー！

魔女に追われている赤髪の女性（シェリナ・ムナフ）が、赤ん坊を「子どもの家」に預けて姿を消した。「アヤツル」という名のその赤ん坊は、園長に「アーヤ」と名付けられ、大人の心を巧みに「操る」ことが得意な、たくましい少女に成長する。アーヤ（平澤宏々路）が10歳になったある日、「子どもの家」を訪れたベラ・ヤーガ（寺島しのぶ）とマンドレーク（豊川悦司）に、引き取られることに。ベラ・ヤーガが魔女だと知ったアーヤは、手伝いをする代わりに魔法を教えてほしいと頼み込む。

しかし、ベラ・ヤーガはアーヤをこき使うばかりで、魔法を教えてくれる気配はまるでナシ。自分の思い通りにコトが進まず腹を立てたアーヤは家を逃げ出そうとするが、魔法の力でドアは消え、ベラ・ヤーガとマンドレークの部屋も見つけることができない。仕方なく、部屋にあったラジカセで、自分が幼い頃から持っているカセットテープを再生して楽しむことにしたアーヤ。そこに、ベラ・ヤーガの“使い魔”の黒猫・トーマス（濱田岳）が現れ、アーヤとトーマスは親しくなっていく。
ある夜、トーマスに導かれてベラ・ヤーガの作業場に潜り込み、アーヤは魔法の本に書いてあった「あらゆる魔法から身を守る呪文」を作ることに成功する。アーヤとトーマスは、魔法の力を使ってベラ・ヤーガに反撃しようとするのだが…！