ストーリー
前代未聞の連続拉致事件の謎にコナン達が挑む!

4年に1度のスポーツの祭典「WSG東京」が東京・芝浜で開催されることになり、新名古屋と芝浜を結ぶ真空超電導リニアの開通も決定した。「WSG東京」の記念パーティーの会場で突然停電が発生し、園子(松井菜桜子)の父・史郎(松岡文雄)が、会場から忽然と姿を消してしまう。会場を訪れていた少年探偵団(岩居由希子、高木渉、大谷育江)の活躍で、史郎を無事に発見するが、「WSG東京」のスポンサーを狙った同様の事件が起こっていることを知ったコナン(高山みなみ)は、独自に調査を開始する。

一方で15年前アメリカで起きた「WSG」のスポンサーを狙った連続拉致事件と、今回の事件の関係を探るため、FBIの赤井秀一(池田秀一)も動き始めていた。当時、FBI長官として事件を担当したアラン・マッケンジー(チャールズ・グラバー)は、今は「国際WSG協会」の会長に就任していた。コナンは、次に狙われるのは「WSG東京」のスポンサーのジョン会長(楠大典/ライアン・ドリース)だと推理。ジョンがリニアの初走行の日に狙われる可能性が高いと読み、コナンは少年探偵団を初走行の試乗会から遠ざける。その頃、赤井の母・メアリー(田中敦子)と妹の世良(日髙のり子)も名古屋に向かっていて…。