FBI潜入捜査官の赤井秀一と、その家族が総登場！
暴走する超電導リニアをコナンと赤井は止められるのか？

劇場版最新作「名探偵コナン　ハロウィンの花嫁」の公開を記念して、昨年公開した「緋色の弾丸」を初放送！大人気キャラクタ―・FBI潜入捜査官の赤井秀一と、その家族が総登場する劇場版シリーズ第24弾。黒ずくめの組織を欺くために偽装殉職し、現在は沖矢昴として生活している赤井と、彼の妹で高校生探偵の世良真純、イギリスのMI6の諜報員でコナンと同じ薬で少女になってしまった母・メアリー、プロ棋士の弟・羽田秀吉が、コナンと共に巨大な陰謀に立ち向かう！世界的なスポーツの祭典と超電導リニアを巡って、幾重にも謎が張り巡らされたストーリーの構成が巧妙！決戦の舞台は、時速1000kmで走る真空超電導リニア。逃げ場無しの絶体絶命のコナンたちの運命は！？

4年に1度のスポーツの祭典「WSG東京」が東京・芝浜で開催されることになり、新名古屋と芝浜を結ぶ真空超電導リニアの開通も決定した。「WSG東京」の記念パーティーの会場で突然停電が発生し、園子（松井菜桜子）の父・史郎（松岡文雄）が、会場から忽然と姿を消してしまう。会場を訪れていた少年探偵団（岩居由希子、高木渉、大谷育江）の活躍で、史郎を無事に発見するが、「WSG東京」のスポンサーを狙った同様の事件が起こっていることを知ったコナン（高山みなみ）は、独自に調査を開始する。

一方で15年前アメリカで起きた「WSG」のスポンサーを狙った連続拉致事件と、今回の事件の関係を探るため、FBIの赤井秀一（池田秀一）も動き始めていた。当時、FBI長官として事件を担当したアラン・マッケンジー（チャールズ・グラバー）は、今は「国際WSG協会」の会長に就任していた。コナンは、次に狙われるのは「WSG東京」のスポンサーのジョン会長（楠大典／ライアン・ドリース）だと推理。ジョンがリニアの初走行の日に狙われる可能性が高いと読み、コナンは少年探偵団を初走行の試乗会から遠ざける。その頃、赤井の母・メアリー（田中敦子）と妹の世良（日髙のり子）も名古屋に向かっていて…。