ストーリー
核戦争を企てるテロリストを止めることができるのか?

モスクワの刑務所に収監されていたイーサン・ハント(トム・クルーズ)がIMFのエージェントのジェーン(ポーラ・パットン)とベンジー(サイモン・ペッグ)の誘導により脱獄する。IMFエージェントのトレヴァー(ジョシュ・ホロウェイ)の任務が失敗に終わり、奪われた機密ファイルを取り返すべくIMFがイーサンに招集をかけたのだ。イーサンは任務遂行のため、クレムリンに潜入するが、その直後に何者かにより爆破され、イーサンたちに爆破容疑がかけられてしまう。

「ゴースト・プロトコル」を発動したアメリカ政府により存在を抹消されてしまったイーサン。爆破テロの真犯人をあぶり出すため、イーサンは分析官のブラント(ジェレミー・レナー)を仲間に引き込み、独自に捜査を進めることに。真犯人として浮上したのは、核戦争を企てるカート・ヘンドリクス(ミカエル・ニクヴィスト)。ヘンドリクスの危険な野望を止めるために、イーサンたちは彼が取り引きを行うというドバイの超高層ビル、ブルジュ・ハリファにたどり着く…。何重にも張り巡らされた厳重なセキュリティを突破し、命がけのミッションを成功させたイーサン。しかし、肝心のヘンドリクスを逃がしてしまい…!