蘭や仲間たちに仕掛けられた爆弾…
タイムリミットは12時間！

名探偵コナン劇場版最新作『名探偵コナン ハイウェイの堕天使』の公開を記念して４週連続で劇場版「名探偵コナン」を放送！第一夜は、記念すべき劇場版「名探偵コナン」10周年記念作品。原作者の青山剛昌先生のアイデアで、これまでの主要キャラクターが勢揃い。謎の依頼人から横浜の遊園地に招待されたコナン、小五郎、蘭、少年探偵団たち。そこで事件の解決を求められるが“定刻内に解決できなければIDカードに仕掛けられた爆弾を作動させる”と脅迫されてしまう！タイムリミットが迫る中、コナン、平次、小五郎、怪盗キッドのライバルの高校生探偵・白馬探と協力しながら事件の真相に迫っていく！果たして定刻までに事件を解決できるのか！？

小五郎（神谷明）のもとに謎の依頼人から招待を受け、コナン（高山みなみ）と蘭（山崎和佳奈）、少年探偵団の一行は横浜に新しくできた遊園地を訪れる。ホテルの一室に通された一同は、遊園地のフリーパスとなる時計型のIDを受け取り、蘭たちは早速テーマパークへ向かう。小五郎と共に部屋に残るよう言われたコナンは、依頼主からいくつかのヒントをもとに、ある事件を解決してほしいと指示を受ける。そこで定刻内に解決出来なければIDカードに仕掛けられたプラスチック爆弾を作動させると脅される。さらに、蘭と少年探偵団たちに渡されたIDカードは、遊園地の敷地を出ると自動的に起爆する設定になっているという。

ヒントをもとに横浜の廃ホテルに向かったコナンたちは、ホテルの地下に隠されていた目出し帽と拳銃を発見する。そこに突然警察と怪盗キッド（山口勝平）が現れ、コナンたちは怪盗キッドの仲間だと疑われ連行されてしまう。コナンが警察に向かったことを知った依頼主は、「工藤新一」宛に電話をかけてくる。コナンは、自分が工藤新一であることを知る依頼主に疑問を抱き、黒ずくめの組織が事件に関係しているのではないかと警戒する…。次なるヒントを手に入れ、横浜の馬車道に向かったコナンは、同じく事件を追う服部平次（堀川りょう）と怪盗キッドの宿敵の高校生探偵・白馬探（石田彰）と合流する。迫るタイムリミットに焦り始めるコナンたち…。果たしてコナンたちは謎を解きすすめ人質にとられた蘭や仲間たちを救うことが出来るのか！？