コナンと服部平次、怪盗キッドが
土方歳三にまつわる日本刀の謎に挑む！

劇場版最新作『名探偵コナン 隻眼の残像（フラッシュバック）』の公開を記念して昨年のNo.1ヒット映画のシリーズ第27作を本編ノーカットで初放送！北海道・函館にある斧江財閥の収蔵庫に、怪盗キッドからの予告状が届く。今回キッドが狙うのは、幕末を生きた新選組副長・土方歳三にまつわる日本刀。ビッグジュエルと呼ばれる宝石を追い求めてきた怪盗キッドが、なぜ刀を狙うのか…？一方、函館で開催される剣道大会の為に訪れていたコナンたちと西の名探偵・服部平次は日本刀の謎、お宝の隠し場所を追うことになる。コナンとキッド、平次の三つ巴の戦いの行方は？そして、函館滞在中に幼馴染みの和葉への告白を狙う、平次の恋の行方は？ゲスト声優の大泉洋の声の演技と、美しい函館の風景も見逃せない、シリーズ最大ヒット作！

函館の斧江財閥の当主のもとに、怪盗キッド（山口勝平）の予告状が届いた。キッドの狙いは、無銘の2本の脇差。斧江家には、新選組副長の土方歳三（津田健次郎）が政府軍の兵士もろとも突き刺した屏風をはじめ、土方歳三の縁の品が多く保管されていた。コナン（高山みなみ）と小五郎（小山力也）は捜査に協力するため斧江家の収蔵庫を訪れるが、厳重な警備をかいくぐりキッドが侵入する。そこに現れたのは、剣道大会に出場するため函館に来ていた服部平次（堀川りょう）。キッドの変装を見破った平次は、キッドを追い詰めるが…。

翌日、剣道大会の応援に向かったコナンと和葉（宮村優子）は、居合道の達人の福城聖（松岡禎丞）に出会う。同じ頃、平次は斧江財閥の弁護士の遺体が発見された埠頭の事件現場にいた。遺体は日本刀のようなもので、十文字に切り裂かれていた。北海道警捜査一課の巡査部長・川添（大泉洋）によると、事件の捜査線上に浮上したのは、武器商人のブライアン・D・カドクラ（銀河万丈）。軍需産業にも関わっていた斧江財閥が隠したとされるお宝を弁護士がドバイから日本に持ち込んだところを狙っていたというのだ。キッドはカドクラからその日本刀を盗み出すが、お面をかぶった男に襲われ、駆けつけたコナンと平次に救われる…。