ストーリー
青年・ティムとピカチュウが手を組み事件の謎に挑む!
かつてポケモンのことが大好きな少年だったティム(ジャスティス・スミス/竹内涼真)は、ポケモンと共に仕事に没頭する父親のハリーとポケモンを遠ざけるようになっていた。大人になったティムのもとにある日ハリーが亡くなったという知らせが入り、人間とポケモンが共存する不思議な街・ライムシティへむかう。ヨシダ警部補(渡辺謙)からハリーの部屋の鍵を渡されたティムは、そこで名探偵ピカチュウ(ライアン・レイノルズ/西島秀俊)と出会う。ティムだけにしか聞こえない人間の言葉を話す名探偵ピカチュウは、ハリーの相棒だったこと、そして記憶を失っていることを伝える。
ハリーは生きていると断言するピカチュウと共にティムは手がかりを求め、新米記者のルーシーのもとを訪ねる。ルーシーによると、ハリーは「R」というポケモンを凶暴化する紫色のガスについて調べていたという。情報通のポケモン・バリヤードから、「R」の手がかりが「ラウンドハウス」にあると教えられたティム。さっそく「ラウンドハウス」へ行くと、そこで「R」がばらまかれてポケモンが凶暴化してしまう…!