ストーリー
エリートスパイ・イーサン・ハントが挑む!
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各国の諜報部員の名前が書かれた超機密ファイル「NOCリスト」。その暗号版がプラハのアメリカ大使館員によって盗まれた。犯人が再び大使館に忍び込み、残りのリストを盗み出すという情報を受けて、イーサン・ハント(トム・クルーズ)が率いるIMFのチームは大使館で開催されるパーティに潜入することに。仲間たちとミッションに挑んだイーサンだったが、計画の途中で仲間のジャック(エミリオ・エステヴェス)が死亡。彼らのリーダーであるジム(ジョン・ヴォイト)も何者かによって襲撃され、仲間たちが次々と犠牲に…!
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チームは全滅。イーサンが本部のキトリッジ(ヘンリー・ツァーニー)に連絡を取り保護を求めるが、逆スパイの疑いをかけられてしまう。逃げ出したイーサンは、武器商人“マックス”に連絡を試みる。そこに、車の爆発で死んだと思われていた仲間の一人でジムの妻だったクレア(エマニュエル・ベアール)が現れ、殺された夫の無念を晴らすためにイーサンに協力することに。そして、マックスからメールの返信が届く…。幾重にも張りめぐらされた罠。お互いの裏の裏の裏を読みあう心理戦!果たして、裏切り者は誰なのか!?