ストーリー
スパイダーマンは脅威にどう立ち向かうのか?

ピーター・パーカー/スパイダーマン(トム・ホランド)のヒーローとしての師匠だった、アイアンマンことトニー・スターク(ロバート・ダウニー・Jr.)が命を落とした戦いから8ヵ月。無事に高校生活に戻ったピーターは、学校の「科学史ツアー」でヨーロッパ旅行に行くことになる。旅行中に、憧れのMJ(ゼンデイヤ)との関係を進展させようとピーターは、最初に訪れたヴェネチアでチャンスを狙うが、なかなかうまくいかない。そんな中、運河が突然盛り上がり、巨大な水の怪物が街を破壊。ピーターは反撃しようと試みるが、そこに謎のヒーローミステリオが現れ、あっという間に怪物を倒してしまう。

ホテルで待ち受けていたニック・フューリー(サミュエル・L・ジャクソン)が、ピーターにミステリオことクエンティン・ベック(ジェイク・ギレンホール)を紹介する。ベックは別の次元世界からの来訪者で、彼の世界を滅ぼした「エレメンタルズ」のことを警告しに来たというのだ。フューリーから強引に「エレメンタルズ」の対策チームに引き込まれたピーターは、チェコのプラハへ向かうことに。事件の裏に隠された意外な真相とは何か?世界の平和は、そしてピーターの夏休みはどうなる!?