トム・ホランド主演の大ヒットシリーズ第2作！
地元ニューヨークを飛び出しヨーロッパへ…

前作「スパイダーマン：ホームカミング」で「マーベル・シネマティック・ユニバース（MCU）」に本格参戦したトム・ホランド演じる大人気キャラクター、スパイダーマン。その続編を2週連続で地上波初放送！第1夜は、一躍人気者になった高校生ピーター・パーカーが地元ニューヨークを飛び出し、ヨーロッパで新たな事件に巻き込まれる。旅行先で憧れのMJとの距離を一気に縮めようと思っていたピーターだったが、彼の前に自然の力を操る敵が襲来…。ヴェネチア、ベルリン、ロンドンなど各国を危機に陥れる敵の脅威に、スパイダーマンはどう立ち向かうのか？ピーターは同級生たちと世界を守る事が出来るのか！？

ピーター・パーカー／スパイダーマン（トム・ホランド）のヒーローとしての師匠だった、アイアンマンことトニー・スターク（ロバート・ダウニー・Jr.）が命を落とした戦いから8ヵ月。無事に高校生活に戻ったピーターは、学校の「科学史ツアー」でヨーロッパ旅行に行くことになる。旅行中に、憧れのMJ（ゼンデイヤ）との関係を進展させようとピーターは、最初に訪れたヴェネチアでチャンスを狙うが、なかなかうまくいかない。そんな中、運河が突然盛り上がり、巨大な水の怪物が街を破壊。ピーターは反撃しようと試みるが、そこに謎のヒーローミステリオが現れ、あっという間に怪物を倒してしまう。

ホテルで待ち受けていたニック・フューリー（サミュエル・L・ジャクソン）が、ピーターにミステリオことクエンティン・ベック（ジェイク・ギレンホール）を紹介する。ベックは別の次元世界からの来訪者で、彼の世界を滅ぼした「エレメンタルズ」のことを警告しに来たというのだ。フューリーから強引に「エレメンタルズ」の対策チームに引き込まれたピーターは、チェコのプラハへ向かうことに。事件の裏に隠された意外な真相とは何か？世界の平和は、そしてピーターの夏休みはどうなる！？