灰原哀にかつてない危機が…！
コナンはさらわれた灰原を救うことができるのか？

劇場版コナン最新作『名探偵コナン 100万ドルの五稜星（みちしるべ）』公開記念！第2夜は、昨年公開されシリーズ初の興行収入100億円超えを記録したシリーズ26作目を本編ノーカットで初放送！ユーロポールが開発した顔認証システムによって、黒ずくめの組織に灰原哀がシェリーであることがバレてしまう…。黒ずくめの組織に連れ去られてしまった灰原を救うため、コナンが組織に立ち向かう！組織に潜伏中のバーボン＝安室透とキール＝水無怜奈をはじめ、沖矢昴＝赤井秀一と日本の警察、FBIなど、コナンシリーズのオールスターが大集結！黒ずくめの組織のNo.2＝ラムや、組織のボス・烏丸蓮耶のシルエットも劇場版に初登場！

ドイツ・フランクフルトで、黒ずくめの組織のキール（三石琴乃）が追い詰め、密かに逃がそうとしたユーロポールの女性が、ジン（堀之紀）の手で殺された。同じ頃、日本にやってきたベルモット（小山茉美）とバーボン（古谷徹）は、ある計画を進めていた…。 その頃コナン（高山みなみ）たちは、八丈島にあるリゾートホテルへ。島の沖合では、世界中の人を顔認証システムで追跡できるインターポールの施設「パシフィック・ブイ」が、本格始動に向けて準備を進めていた。沖矢昴（置鮎龍太郎）こと赤井（池田秀一）によると、黒ずくめの組織のナンバー２のラム（千葉繁）の側近・ピンガ（村瀬歩）が暗躍しているといい…。嫌な予感に駆られたコナンは警視庁の船に忍び込み、「パシフィック・ブイ」に上陸した。

牧野（沢村一樹）が責任者を務める「パシフィック・ブイ」で働くのは、現在の顔を元に若い頃の顔を検索できる「老若認証」などのシステム開発を担当した、直美（種﨑敦美）をはじめとするスタッフたち。しかし「老若認証」システムを狙う黒ずくめの組織が直美を連れ去ってしまう。施設の出入口を開閉した「内通者」の存在をコナンが疑う一方、直美が持っていたUSBメモリーのデータから、灰原（林原めぐみ）とシェリーが同一人物であることが組織にバレてしまい、灰原はウォッカとピンガに拉致されてしまう。コナンと蘭（山崎和佳奈）、阿笠博士（緒方賢一）は灰原を救おうと車を追跡するが、灰原を乗せた車が海に落ち組織の潜水艦に乗せられてしまう…。果たしてコナンは灰原を救うことができるのか!?