ストーリー
思いがけない大騒動を巻き起こす!

ポニョ(奈良柚莉愛)は、真っ赤なさかなの女の子。人間を辞めて海の住人となった魔法使いの父・フジモト(所ジョージ)と海なる母・グランマンマーレ(天海祐希)の間に生まれた彼女は、ある日、冒険の旅に出る。クラゲに乗ってたどり着いた海辺で出会ったのは、5歳の男の子・宗介(土井洋輝)。宗介は、老人ホームに勤める母のリサ(山口智子)とともに、船乗りの父・耕一(長嶋一茂)の留守を守る明るい少年だ。宗介のやさしさに触れ、彼を大好きになってしまったポニョ。しかし、人間の悪いところをたくさん知っているフジモトは、ポニョを海の中に連れ戻し、魔法の力を使ってとじこめてしまう。

それでも「宗介に会いたい」というポニョの気持ちは止まらない!いもうと達(矢野顕子)に協力してもらってフジモトが開発中の強い魔法の液体を海に解き放ったポニョは再び地上へ!! しかし、ポニョがばらまいた魔法の液体のおかげで原始の力を取り戻した海は、巨大なうねりとなって宗介の町を飲み込んでしまう…!!