閉ざされた空間に仕掛けられた無数の爆弾と危険な細菌
怪盗キッドは蘭のハートを盗み出す！？

「名探偵コナン　紺青の拳（フィスト）」の４Ｄアトラクション出国上映（８月２３日～）に合わせて、コナンの宿敵・怪盗キッドが大活躍する劇場版第14弾を放送!!　物語の舞台となるのは、大空を飛ぶ巨大飛行船。キッドが狙う宝石“天空の貴婦人（レディー・スカイ）”が船内で展示されることになるが、テロリストによって飛行船に殺人バクテリアと爆弾が仕掛けられ…!!　果たしてコナンは、蘭や仲間を守ることができるのか！？先の読めない展開にハラハラ、そしてコナンとキッドが繰り広げる熱き恋のバトルにも注目！

新種の細菌を研究している国立東京微生物研究所が７人組のグループによって襲撃された。犯人は、財閥をターゲットにテロを繰り返してきた「赤いシャムネコ」。彼らが研究所から盗み出したのは、８０パーセントの確率で死に至るという脅威の殺人バクテリアだった。テロ集団は７日以内にそのバクテリアを使って“次の行動”を起こすという犯行声明を発表する。

一方怪盗キッドは巨大飛行船「ベル・ツリーⅠ世号」に展示される宝石「天空の貴婦人（レディー・スカイ）」を狙っていた。数日後コナンらを乗せた飛行船は東京から大阪への試験飛行へと飛び立った。そんな中、テロ集団が飛行船に殺人バクテリアをばらまいたことが判明。飛行船はテロリストたちにハイジャックされてしまう！蘭や仲間たちを守るためコナンが絶体絶命のピンチに立ち向かう！！