恐竜のいる島で火山が活動を開始！
迫り来る危機的状況の中、人間たちは重大な決断を迫られる！

「ジュラシック・ワールド」シリーズ一挙放送の2夜目は、恐竜と人間の戦いと交流のその後を描いたシリーズ第2作！前作で「ジュラシック・ワールド」が閉鎖されてから3年。テーマパークがあった島では恐竜たちが自力で生き延びていたが、火山が活動を開始し…！恐竜を救うため、島に向かったテーマパークの元運営責任者のクレアと、ヴェロキラプトルと心を通わせるオーウェン。その影では、壮大な陰謀が動いていた…！クレアとオーウェンが対峙するのは、DNA操作で生み出された高い知能と凶暴性を併せ持つ史上最凶の新恐竜・インドラプトルと、謎めいた少女。2人は、火山から恐竜を救い出し、恐竜を利用しようとする人間たちの企みを暴くことができるのか！？

現代に蘇った恐竜を展示するテーマパーク「ジュラシック・ワールド」で、遺伝子操作で生み出された恐竜、インドミナス・レックスが暴走した惨劇から3年。テーマパークがあった島では、自由に恐竜たちが暮らしていた。そんな中、島の火山活動が活発化。恐竜の保護が叫ばれる中、何者かが島からインドミナス・レックスの骨を盗み出していった。

テーマパークの元責任者で、恐竜保護団体を設立したクレア（ブライス・ダラス・ハワード）は、「ジュラシック・パーク」の生みの親のビジネスパートナーだったベンジャミン（ジェームズ・クロムウェル）に協力を仰ぐことに。ベンジャミンの下で働くイーライ（レイフ・スポール）は、恐竜を安全な島に移送すると約束。高い知能を持つヴェロキラプトルのブルーの保護を条件に出されたクレアは、ブルーを調教していた元恋人のオーウェン（クリス・プラット）と共に島に向かったが、イーライが手配した傭兵に裏切られてしまう。
イーライの目的は、恐竜を兵器として各国に売りさばくこと。高い攻撃力を持つインドミナス・レックスを、人間に従順な“兵器”に作り変えるためには、ブルーのDNAが必要だったのだ。襲いかかる恐竜たちと、降り注ぐ溶岩からなんとか逃げ出したクレアとオーウェンだったが、イーライに捕らえられてしまう。一方、孫娘のメイジー（イザベラ・サーモン）からイーライの企みを知らされたベンジャミンは、彼を止めようとするが…！